يُعد الزعتر من أغني النباتات الطبيعية بالفوائد الصحية والطبية فضلًا عن مذاقه الشهي الذي يكسبه للطعام.

ووفقًا لما جاء في موقع فارمسي نعرض أهم استخدامات الزعتر للصحة العامة: 
 

أمراض الجهاز التنفسي: يستخدم الزعتر في الطب التقليدي لعلاج التهاب الشعب الهوائية والسعال الديكي والتهاب الغشاء المخاطي في الجهاز التنفسي ويقال إنه يحتوي على خصائص مضادة للتشنج والتهاب القصيبات والحركية الإفرازية.

ويستخدم زيت حمام الزعتر كعلاج لمشاكل الجهاز التنفسي في دراسة اللجنة الألمانية E عن الأدوية العشبية وقد تهيج هذه الأدوية الرئتين، مما يجعلها تفرز المخاط وتحريك أهدابها بسرعة أكبر في ظهارة الشعب الهوائية، مما يؤدي إلى استجابة مزيلة للاحتقان. 

وكذلك نشاط مضاد للبكتيريا قد يكون للمواد الكيميائية الفينولية الموجودة في زيت الزعتر الأساسي نشاط مضاد للجراثيم. 

ومنع تدهور الدماغ أوضحت الدراسات التي أجريت في المختبر وفي الجسم الحي أن الزعتر يمتلك مواد كيميائية نباتية تؤثر على القدرة على اكتساب المعرفة والفهم من خلال الخبرة والحواس والفكر والمزاج. 

 

بالإضافة إلى أمراض الجهاز الهضمي فقد تم تحضير العلاجات التقليدية باستخدام تركيبات الزعتر لعلاج مشاكل الجهاز الهضمي وقامت دراسات قليلة جدًا بدراسة التأثيرات الدقيقة للزعتر على أنسجة الجهاز الهضمي، كما أن النتائج التي تم الحصول عليها من هذه الدراسات غير متناسقة أيضًا.

ويستخدم الزعتر في الطب التقليدي لعلاج السعال وكذلك الاكتئاب والكوابيس والصرع والصداع. 

وفي نظام الطب الشعبي، كثيرا ما يستخدم نبات الزعتر الطبي لعلاج التهابات الأمعاء والمعدة والمجرى الهوائي والتهاب المعدة والأمعاء، وإزالة الديدان المعوية.

ويعمل الزعتر كذلك على تقوية القلب وتقليل احتمالات إصابته بالأمراض وتقوية المناعة.

وتشمل فوائد تناول شاي الزعتر بانتظام تقليل الالتهاب في العديد من الحالات ومع ذلك يحتاج هذا التأثير إلى مزيد من التقييم لحالات مثل التهاب المفاصل. 

وقد تكون التأثيرات المضادة للأكسدة لفيتامين أ الموجودة في الزعتر ضرورية للحفاظ على صحة الأغشية المخاطية والجلد والبصر. 

وعلى الرغم من أن الدراسات تظهر فوائد الزعتر في حالات مختلفة، إلا أنها غير كافية، وتتطلب المزيد من الأبحاث لتحديد فوائد الزعتر على صحة الإنسان.